8月 总后周坤仁政委、杨德清副部政委、梁洪部长助理等来院视察工作。

9月 庄玉辉、李国利、吴雪琼、张晓刚、张寅等研究的“结核病基因诊断技术的建立与变异菌生物学特性及其临床应用”成果，获国家科技进步成果三等奖。

10月 总后王克部长、总后司令部杨澄宇参谋长、总后卫生部白书忠副部长等来院观察工作。

11月 中央军委主席江泽民命令，任命蔡忠军为309医院院长，原院长庞忠玉免职。总后党委决定，由郑衍智等9人组成党委常委。

12月 从德国西门子公司进口1台价值836万元人民币的螺旋CT.

1996年

1月 总后周友良副部长、陆增祺部长助理兼卫生部长等来院视察工作。

3月 制定下发《309医院1996—2000年业务技术建设发展规划》。

6月 从深圳威达公司购买了价值105万元人民币的X刀（头部、体部各1台）。

同年，在总后党委、机关的帮助和指导下，开展了以专项治理为主要内容的党委和机关教育整顿，查处了原院长庞忠玉的经济犯罪案件，庞被开除党籍，判刑1年。

1997年

3月 总后陆增祺部长助理兼卫生部长来院视察工作。

4月 总后周友良副部长、总后卫生部李超林副部长等来院视察工作。

6月 309医院被北京市海淀区批准为“大病统筹定点医院”。

8月 中央军委主席江泽民命令，任命柴明汉为309医院政治委员、原政委郑衍智退休。

10月 中央军委副主席、国防部长迟浩田上将、中央军委原副主席张震上将、总政治部主任于永波上将先后来院，看望住院诶的总参一位离休老领导。

10月 与德国费森尤斯公司合作成立“北京309费森尤斯血液净化中心”，这是309医院首次与外国医疗技术合作，外方提供价值200万元人民币的8台透析机和1台处理机等设备，院方出场地、出技术，利润分成。

同月 309医院被北京市批准为“公费医疗军队试点医院”。

11月 召开了309医院第八次党代表大会，产生了以柴明汉为书记的23人党委会和8人常委会。

12月 总后勤部第607号文件通知，309医院编制床位540张，编外床位60张。

同年，在后锅炉房原址新建了近3000平方米的新锅炉房。

1998年

8月 309医院派出4个人医疗小分队参加长江流域抗洪救灾巡回医疗。

9月 从美国进口1台价值100万元人民币的分支杆菌实验系统。

11月 召开了庆祝309医院建院40周年大会。蔡忠军院长代表院党委提出了“科技兴院、质量建院、勤俭办院、依法治院”的建院方针。

几年来，医院的社会效益和经济效益不断提高，医院收入大幅度增长，1998年达到6000万元，比1995年的3000万元翻一番。